Intervalli seriali nei casi di variante Sars-CoV-2

La linea SARS-CoV-2 B.1.617.2, nota anche come variante delta, è stata dichiarata una variante preoccupante dall’OMS sulla base di prove preliminari che suggeriscono una diffusione più rapida rispetto ad altre varianti circolanti. Tuttavia, i fattori epidemiologici che contribuiscono a questa differenza rimangono poco chiari. In particolare, un aumento del tasso di crescita osservato dei casi di COVID-19 potrebbe essere il risultato di un intervallo di generazione più breve (ovvero il ritardo da un’infezione all’altra) o un aumento del numero effettivo di riproduzione, R, di un individuo infetto (vale a dire, il numero medio di casi secondari generati da un individuo infetto), o entrambi. Mentre un intervallo di generazione più breve aumenterebbe la velocità ma non il numero di trasmissioni a livello individuale, un valore maggiore di R richiederebbe una copertura sia più rapida che più ampia delle misure di controllo dell’epidemia come la vaccinazione o il distanziamento fisico per sopprimere la trasmissione. A Singapore, il sequenziamento dell’intero genoma viene eseguito per campioni respiratori di individui risultati positivi per SARS-CoV-2 mediante PCR con una soglia del ciclo di 30 e inferiore. La variante B.1.617.2 è stata identificata per la prima volta in casi locali il 27 aprile 2021. Nonostante gli alti livelli di aderenza all’uso della maschera e al distanziamento fisico nel paese, sono stati rilevati 4 cluster della variante B.1.617.2 e alcuni cluster hanno mostrato una rapida crescita delle infezioni. Abbiamo studiato i possibili driver della crescita della variante B.1.617.2 studiando gli intervalli seriali (cioè, ritardo dall’inizio all’inizio, un proxy per l’intervallo di generazione) tra le coppie di un caso primario e un caso secondario che si verificano tra i membri della famiglia. Le storie di esposizione sono state riviste per tutte le coppie di trasmissione domestica che coinvolgono individui infetti dalla variante B.1.617.2 e notificate tra il 27 aprile e il 22 maggio 2021. La variante B.1.617.2 è stata rilevata nel 97% dei campioni sequenziati da casi locali di COVID-19 identificati in questo periodo. I casi secondari con potenziale esposizione a più di un caso primario all’interno della famiglia o ad altri casi al di fuori della famiglia sono stati omessi dall’analisi. Anche le famiglie con casi secondari con date di insorgenza dei sintomi diverse sono state omesse dall’analisi poiché non siamo stati in grado di escludere più generazioni di trasmissione. Per fare un confronto, abbiamo identificato le coppie di trasmissione domestica prima del blocco parziale a Singapore il 7 aprile 2020 e applicato gli stessi criteri di esclusione. Questo periodo di tempo precede il verificarsi delle principali varianti globali di SARS-CoV-2 e corrisponde maggiormente all’attività sociale e alle disposizioni sul posto di lavoro nell’aprile 2021,5 quando lavorare da casa non era l’impostazione predefinita. L’analisi preliminare ha mostrato che i casi primari in questo periodo avevano un intervallo di tempo più ampio dall’insorgenza dei sintomi all’isolamento rispetto ai casi primari B.1.617.2. Pertanto, è stata eseguita la seguente procedura di campionamento per garantire la corrispondenza tra il numero di coppie di trasmissione e la distribuzione del tempo dall’insorgenza dei sintomi all’isolamento dei casi primari. Per un dato tempo dall’insorgenza dei sintomi all’isolamento di un caso primario B.1.617.2, abbiamo campionato casualmente, con sostituzione, gli intervalli seriali dei casi primari nel periodo precedente con il tempo corrispondente dall’esordio all’isolamento. Abbiamo quindi adattato una distribuzione normale distorta al campione di intervalli seriali per tenere conto degli intervalli seriali negativi derivanti dalla trasmissione presintomatica. Il processo è stato ripetuto 1000 volte per ottenere la media e l’IC al 95% della media campionaria, la mediana, la modalità e la differenza di queste statistiche tra i casi di variante B.1.617.2 e i casi rilevati prima del lockdown. C’erano 32 coppie di trasmissione domestiche varianti B.1.617.2 e 63 coppie di trasmissione domestiche identificate prima del 7 aprile 2020. L’intervallo seriale mediano dei casi varianti B.1.617.2 era di 3 giorni, mentre nei casi identificati prima del 7 aprile, 2020, l’interno seriale mediano era di 3 giorni (95% CI da 2 a 4) dopo aver abbinato il tempo dall’insorgenza dei sintomi all’isolamento. La modalità dell’intervallo seriale era di 2 giorni per i casi di variante B.1.617.2 e di 2,7 giorni (95% CI da -1 a 4) per i casi rilevati prima del blocco. La media, la mediana e la modalità delle distribuzioni dell’intervallo seriale dei casi varianti B.1.617.2 e dei casi campionati prima del lockdown non erano statisticamente differenti. Questa prima indagine sui recenti casi di variante B.1.617.2 non offre prove a sostegno di una grande differenza (cioè > 1 giorno) negli intervalli seriali tra i campioni studiati, ai quali è stato applicato un criterio di esclusione per garantire la coerenza. A sua volta, ciò supporta l’ipotesi che la recente rapida crescita sia potenzialmente guidata da un aumento del numero medio di casi secondari generati da un caso infetto dalla variante B.1.617.2. Gli studi con un adeguato controllo dei fattori confondenti sono quindi cruciali per individuare i fattori epidemiologici chiave che facilitano l’aumento della trasmissibilità della variante B.1.617.2. Questi fattori includono, ma non sono limitati a, la carica virale e le dinamiche di spargimento negli individui infetti dalla variante B.1.617.2 di SARS-CoV-2, le impostazioni di esposizione e lo stato di vaccinazione degli individui infetti. Senza segni di riduzione della gravità della malattia per la variante B.1.617.2, la tracciabilità dei contatti e i test sui casi di COVID-19, insieme alla vaccinazione e agli interventi non farmaceutici, continuano a rimanere misure chiave di controllo dell’epidemia di SARS-CoV-2 a breve termine . RP dichiara il finanziamento del Ministero della Salute di Singapore. L’AJK dichiara il finanziamento di Wellcome e del National Institute of Health Research (NIHR). Le opinioni espresse in questa pubblicazione sono quelle degli autori e non necessariamente quelle del NIHR o del Dipartimento della sanità e dell’assistenza sociale del Regno Unito. TMM e VJL non dichiarano alcun interesse concorrente. I contributori, il ruolo del finanziatore e i membri del gruppo di lavoro COVID-19 del Center for the Mathematical Modeling of Infectious Diseases (CMMID) sono elencati nell’appendice. Il codice del modello e i dati anonimizzati che sono alla base dei risultati riportati in questa corrispondenza sono disponibili online all’indirizzo https://github.com/rachaelpung/serial_interval_covid_b.1.617.2. (Fonte: “The Lancet”)

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